承担推动农业科技体制改革及相关体系建设、技术研发、成果转化和技术推广工作。监督管理农业转基因生物安全。承担推动农业绿色发展有关工作。指导农用地（除林地、草地）、农业生物物种资源及农产品产地的环境保护和管理。指导农村可再生能源开发利用、节能减排、农业清洁生产和生态循环农业建设。承担农业外来物种管理相关工作。起草种植业、农作物种业、畜牧业、渔业、饲料业、畜禽屠宰行业、兽医事业发展政策、规划并组织实施。拟订“菜篮子”有关政策。指导粮食生产、种植业结构和布局调整及标准化生产，发布农情信息。组织实施农作物种质资源保护和管理。承担发展节水农业、抗灾救灾、农业植物新品种保护相关工作。承担农作物种子种苗、肥料、农药生产、农药经营、兽医医政、兽药、兽医器械等有关监督管理。指导畜禽粪污资源化利用。监督管理畜禽屠宰、饲料及其添加剂、生鲜乳生产收购环节质量安全。组织实施农作物重大病虫害监测与防治、植物防疫检疫工作。组织实施动物防疫检疫。保护和合理开发利用渔业资源、指导水产健康养殖和水产品加工流通。组织水生动植物病害防控。组织渔业水域生态环境和水生野生生物保护。监督管理捕捞业和水产养殖业。指导渔业互助保险。承担渔业安全生产监督管理工作。按照职责分工承担农村生活垃圾治理工作。负责本部门“最多跑一次”改革工作。